Čechům a Slovákům však nebylo souzeno pokojně pokračovat v politické a ekonomické transformaci. Náročný přechod k demokratickému systému a od centrálně řízeného hospodářství k tržní ekonomice neprobíhal bez otřesů. Vše bylo umocněno zesílením vzájemných národnostních sporů, které existovaly v různých podobách po celou dobu trvání Československa.
Obě vítězná hnutí povolební situaci nezvládla a ani zvládnout nemohla. Spíše než pevnými organizacemi byly volným seskupením protikomunistických směrů a skupin, které měly na konkrétní řešení transformačních problémů různé názory. Občanské fórum se po volbách rozpadlo na řadu subjektů, z nichž většího významu nabylo liberálně orientované Občanské hnutí (OH) a zvláště významného postavení dosáhla početně nejsilnější, nejlépe organizovaná a na konzervativních principech založená Občanská demokratická strana (ODS). Jejím předsedou a lídrem byl pragmatický federální ministr financí Václav Klaus, kterému se v několika bitvách podařilo prosadit svou koncepci radikální ekonomické reformy, představující model liberálního pojetí tržní ekonomiky, spočívající v urychlené privatizaci a v potlačení hospodářské úlohy státu.
Důsledky reformy bolestně pocítilo hospodářsky méně rozvinuté Slovensko, ekonomický propad zákonitě postihl celé regiony. Tato skutečnost byla jedením z hlavních důvodů, proč na Slovensku získal po rozpadu Veřejnosti proti násilí masovou oblibu populista Vladimír Mečiar, předseda jednoho z nástupnických subjektů - Hnutí za demokratické Slovensko (HZDS), a proč zde pravicové strany nalezly jen malý ohlas. Vše souviselo i se silným tradičním sociálním cítěním slovenské společnosti. Další příčinou Mečiarovy popularity byl způsob, jakým dokázal hájit emancipační snahy Slováků proti domnělým pražským polistopadovým stoupencům centralisticky řízené federace. Touha po politické svébytnosti slovenského národa, přirozená a pochopitelná, ovšem komplikovala i tak složité transformační poměry. Napětí mezi českou a slovenskou politickou reprezentací se vybíjelo v celé sérii menších či větších střetů. Na jaře 1991 sice Slovenská národní rada odvolala Mečiara z funkce slovenského premiéra, ale díky celkové nechuti velké části slovenských poslanců nebyla přijata nová federální ústava.
Dvouletá politická konfrontace vyvrcholila po parlamentních volbách v červnu 1992. V českých zemích dostala nejvíce hlasů Občanská demokratická strana a na Slovensku zvítězilo se stejnou převahou Mečiarovo Hnutí za demokratické Slovensko. Bylo zřejmé, že strany s tak rozdílnými politickými a hospodářskými programy nemohou vytvořit stabilní a funkční federální vládu a ani tvořit akceschopný federální parlament.
Představitelé Občanské demokratické strany a Hnutí za demokratické Slovensko, Václav Klaus a Vladimíra Mečiara se pak v několika kolech jednáni dohodli na demontáži československé federace. Dne 25. listopadu 1992 rozhodlo Federální shromáždění o zániku Československa k 31. prosince 1992. O tři týdny později, 16. prosince 1992, schválila Česká národní rada ústavu samostatného českého státu.
Od 1. ledna 1993 se na mapě Evropy objevily, po příkladném nekonfliktním rozdělení, dva nové samostatné státy - Česká republika a Slovenská republika, bylo tak zahájeno nejnovější období české státnosti.